1、魏忠贤以为时机成熟，终于大开杀戒。首先遭到杀害的是工部屯田司郎中万燝。他在杨涟上疏几天之后，也上疏揭发魏忠贤在香山碧云寺所造坟墓仿佛帝王陵寝规格，而且此人“口衔天宪，手握王爵，生杀予夺”。皇帝大为震怒，下令廷杖一百。魏忠贤鉴于当时弹劾他的奏疏络绎不绝，借圣旨之威杀一儆百，拿一个小小的曹郎下手，特命亲信太监把万燝拉至午门，一顿乱棍打得他血肉横飞，还未受廷杖已经气息奄奄。其后有“六君子之狱”、“七君子之狱”，残酷迫害异己分子。天启五年三月底，由于魏忠贤的亲信锦衣卫镇抚司许显纯严刑拷打汪文言，扳诬杨镐、熊廷弼公行贿赂，魏忠贤以皇帝圣旨的名义逮捕杨涟、左光斗、袁化中、魏大中、周朝瑞、顾大章“六君子”，与已经逮捕入狱的汪文言一起，“一并究问追赃”。
2、郑鄤死得很惨。他在一行人等押解下，来到京城西市甘石桥下四牌楼刑场。那里早已人山人海，连屋顶上都是黑压压的一片看热闹的人群。在人声鼎沸中，忽听得官员宣读圣旨，最后一句声音特别尖刻：“照律应剐三千六百刀！”上百名刽子手齐声吆喝，如同雷震，令旁观者不寒而栗。炮声响后，行刑开始。须臾，手持小红旗的校尉疾驰而去，向大内报告所剐刀数。令目击者感叹万分的是：“归途所见，买生肉以为疮疖药料者，遍长安市。二十年前之文章气节、功名显宦，竟与参术甘皮同奏肤功！”郑鄤被脔割处死，他身上的肉竟被京城愚民买来作为医治疾病的药料，可悲，可哀！
3、裁驿之举，从理论上讲是节省朝廷开支、减轻民间负担的好事，问题在于动机与效果不相一致，甚至背道而驰。体制内的改革的成功与否，有赖于体制自身的支持，也有赖于体制外的反应。此次改革不能说是成功的，它的最明显的负面效应，就是使数以万计的驿站民夫因此而失业，迫使他们走上反叛明王朝的武装起义道路，这是刘懋与思宗始料不及的。
4、已如前述，日本学者城井隆志的《关于明末的一个反东林派势力——围绕顾天埈》在实证研究的基础上，对万历朝中后期的所谓“党争”提出一些新见解，认为当时以科道官为中心的官僚集团中存在派系斗争，围绕着阁部权力的争夺和若干重大政治问题而展开，并无明显的营垒观念，分化改组时时进行，并非一成不变，这与天启时期以魏忠贤为首的“阉党”专权时期，为了打击异己势力，把反对“阉党”的正直官僚一概称为“东林党”的状况截然不同。以往的史家过分强调东林与反东林的斗争，把昆党、宣党、齐党、楚党、浙党树立为东林的对立面，事实并非如此壁垒分明。
5、杨鹤得知皇帝大力支持抚局，御使已经携带银两前来赈济，便放开手脚进行招抚。然而此时此际陕西已面临剿也难抚也难的两难选择。造反大军点燃的星星之火已成燎原之势，使当局剿不胜剿。那么抚能奏效吗？也难。突出的问题是招抚之后，在灾荒流行的三秦大地如何安插这些“降丁”？清初专门研究“流寇”的学者戴笠、吴乔比较了赈、剿、抚三种手段后指出：赈是治病之本，剿是治病之标，抚只不过是一剂调理药而已。其实戴、吴二公的这种分析也是一种皮相之见，陕西“流寇”蜂起是晚明各种矛盾的总爆发，它显示社会早已病入膏肓，剿不但不能治标反而刺激病情更加恶化，抚的调理作用在天灾人祸双重压力之下迅即化为乌有，赈虽有治本功效但为时已晚，况且杯水车薪根本无济于事。
6、思宗深恶门户之讥，“知两党各以私意相攻，不欲偏任，故政府大僚俱用攻东林者，而言路则东林居多。时又有复社之名，与东林继起，而其徒弥盛，文采足动一时，虽朝论苛及之，不能制也”（夏允彝《幸存录・门户大略》）。对于夏允彝《幸存录》的观点，黄宗羲颇多非议，尤其是对于党争双方各打五十大板的做法，进行批评：“毅宗（即思宗）亦非不知东林为君子，而以其依附者之不纯为君子也，故疑之；亦非不知攻东林者为小人也，而以其可以制乎东林，故参用之。卒之君子尽去，而小人独存，是毅宗之所以亡国。”夏、黄同为当时名流，且又都是那段历史的见证人，两人所见各有千秋，而在分析思宗对待党争的心态时，黄公所见似乎略高一筹。思宗之所以重用周延儒、温体仁，其缘由盖在于此。
7、因此顾、高二氏义无反顾地要拨乱反正，要“救世”。顾宪成说：“士之号为有志者，未有不亟亟于救世者也。夫苟亟亟于救世，则其所为必与世殊，是故世之所余矫之以不足，世之所不足矫之以有余。”在他看来，救世之举就是“相期于道德”――“砥操砺节昭昭冥冥，一禀于诚理，则外无亏玷之隙，而有以保其完矣，其于道德也几乎。”这种道德的重整正是东林书院全部活动的出发点与归宿点。
8、袁崇焕的死令人惨不忍睹。据当时人记载，在西市处磔刑时，“割肉一块，京师百姓从刽子手争取生啖之，刽子乱扑，百姓以钱买其肉，顷刻立尽。开膛出其肠胃，百姓群起抢之，得其一节者，和烧酒生啮，血流颊间，犹唾骂不已。拾得其骨者，以刀斧碎磔之，骨肉俱尽。止剩一首，传视九边”。袁崇焕的死比熊廷弼要惨多了。呜呼，难道那个时代为国家献身的忠臣都要付出如此沉重的代价么？
9、此处所谓“党”，并非政党，似乎是无须论证的。众所周知，政党起始于近代，17世纪70年代英国的辉格党、托利党便是近代政党的雏形。中国政党的雏形是19世纪末的兴中会，以及20世纪初的同盟会。此前并无政党可言。晚明史上所谓党，无一例外多是朋党的党，而非政党的党。所谓朋党，是指官僚结成的派系（或称派阀），因而所谓党争，自然是指官僚派系之间的斗争，它与民间人士无关。东林书院的创办者顾宪成、高攀龙等人虽然以前曾是官僚，但早已被革职下野，此时在书院中以讲学为己任，朝廷中的党争与他们有何干系？东林书院何党之有？